OVA（オリジナルビデオアニメーション）リリースから32年。庵野秀明監督作品『トップをねらえ！』OVA全6話を前編（1-4話）・後編（5-6話）で上映。
西暦２０１５年。白鳥座宙域で航行中であった「るくしおん」艦隊が、謎の宇宙怪獣の襲来により全滅した。
それから１５年後、宇宙怪獣の襲来に備えて沖縄に、宇宙パイロット養成学校「沖縄女子宇宙高等学校」が設立された。
その生徒の中に「るくしおん」艦長の娘、タカヤ・ノリコの姿があった…。
「私もいつか宇宙パイロットになって、父のいた宇宙に出る！」
厳しいコーチの特訓の中で、メキメキと才能を発揮していくノリコ！
今、パイロットのトップになるための、そして地球を守るための、辛く険しい戦いの幕が上がる…！！